Yamano Mitsuha est une fille de 18 ans qui est souvent comparée à une collégienne en raison de sa petite taille. À l'approche des épreuves d'entrée à l'université, elle perd son frère et ses parents. En raison du choc de la perte de sa famille, elle rate tous ses examens. Un jour Mitsuha tombe d'une falaise et se retrouve dans un autre monde similaire à l'Europe Médiévale. Suite à un combat mortel contre des loups, elle découvre qu'il est possible de passer de ce monde au sien. Mitsuha décide alors de vivre en habitant dans les 2 mondes à la fois ; en gagnant de l'argent dans le monde médiéval et en vivant confortablement dans son monde moderne...